En la naturaleza, la simbiosis es un fenómeno generalizado. Podemos definirla como la interacción biológica estrecha y a largo plazo entre dos o más especies. Aunque la mayoría de las relaciones simbióticas más icónicas suelen ser entre eucariotas, también existen simbiosis que incluyen eucariotas, bacterias y arqueas. Esta tesis se centra principalmente en la simbiosis entre insectos, en concreto, la cucaracha Blattella germanica y su microbiota intestinal. En este tipo de relaciones, los insectos suelen adquirir la capacidad de subsistir alimentándose de dietas pobres en nutrientes gracias al metabolismo procariótico de su microbiota intestinal, y ,a cambio, las bacterias obtienen protección y una fuente continua de nutrientes procedentes de la dieta del huésped. Esto es así gracias a que el tracto intestinal puede albergar una gran diversidad de microorganismos que realizan una diversidad aún mayor de reacciones metabólicas que los organismos eucariotas son incapaces de realizar. Este es el caso de los humanos y otros mamíferos, pero también de algunos insectos sociales como las termitas, las abejas o las cucarachas, que se benefician de albergar una comunidad microbiana diversa en su intestino. Los estudios con datos metagenómicos de la microbiota suelen centrarse en el estado de la microbiota bajo algún estrés o diferentes condiciones, como pueden ser los cambios en la dieta, ingesta de antibióticos, diferencias en la edad, genética del huésped, o tratamientos. Pero hay un factor que suele dejarse de lado, el factor de la continuidad temporal. Este factor es importante para comprobar la evolución de los cambios y no solo tener una imagen estática del estado inicial y final de la comunidad microbiana. Los estudios longitudinales nos permiten analizar el estado de la microbiota en momentos consecutivos y así poder extraer información más robusta de qué, cuándo y con suerte, porqué suceden algunos cambios. En esta tesis se realiza un experimento longitudinal con cinco poblaciones de cucarachas con una duración de 105 días. Tres de estas poblaciones fueron tratadas con el antibiótico kanamicina y las otras dos, fueron poblaciones con condiciones control. En este estudio, se utilizaron herramientas bioinformáticas para evaluar la diversidad de la microbiota bajo la presión del tratamiento con antibióticos a lo largo del experimento. También se estudió la estabilidad de la microbiota, la co-ocurrencia de los taxones, la resiliencia, la robustez, los cambios en los perfiles funcionales usando el software PICRUSt2 y el efecto del antibiótico en la eficacia biológica de las cucarachas. Tras el análisis de los datos se encontró que la diversidad de la microbiota intestinal se ve reducida por efecto de la kanamicina y que existen algunos taxones como Lachnosclostridium y Parabacteroides que son especialmente resistentes al tratamiento. También encontramos que taxones filogenéticamente similares tienden a presentar una respuesta similar al tratamiento, formando comunidades co-ocurrentes y que el perfil funcional de la microbiota se ve afectado por el tratamiento con kanamicina. Además, se observó que taxones como Pseudomonas y Sphingomonas albergan el gen de la kanamicina quinasa, enzima responsable de la degradación de la kanamicina. Finalmente, no se han encontrado evidencias de que el antibiótico tenga un efecto negativo en la eficacia biológica del insecto.